文接上篇
摆脱了变异的蜘蛛侠还和多玛姆交过手，结识了奇异博士，这里揭示了玛丽简的灰暗童年，被父亲所抛弃。
帕克陷入了感情的危机，因为他屡次爽约而将玛丽简推给了好友亨利奥斯本，之后大战了强敌恶鬼，玛丽简也逐渐认识自己的感情，和帕克和好，但帕克和亨利的友情却陷入了危机。
之后蜘蛛侠断断续续和老敌人都有交手，而蜘蛛侠的宿敌绿恶魔则在一次意外中出现，绿恶魔实力强于恶鬼，并揭穿了恶鬼的身份，菲利希亚的未婚夫杰森菲利普斯。
绿恶魔本质上是诺曼奥斯本的人格分裂，除了亨利之外，他对一切仇视的人疯狂报复，和蜘蛛侠也是各有胜负。
这之间出了一个插曲，就是斑点，跨越空间是他的能力，后来这个能力被制成穿梭机器，最后到了绿恶魔手上。
绿恶魔凭借穿梭能力知道了蜘蛛侠和帕克是一个人的事实，对帕克身边的人展开报复，他盯上了玛丽简，在绿恶魔和蜘蛛侠的决战中玛丽简掉进了穿梭空间，被困了进去。而原本的机器也在蜘蛛侠和绿恶魔的战斗中损坏了。
绿恶魔作茧自缚让自己掉进了空间漩涡，蜘蛛侠因为玛丽简心灰意冷，因此到菲利希亚那里寻求慰藉。
这里牵扯到了菲利希亚的身世，她的父亲是神偷黑猫，拥有过目不忘的本领，记住了美国队长的超级配方，因此被金并盯上。
金并通过绑架菲利希亚作为筹码，逼迫黑猫约翰哈代斯基交出配方，并以菲利希亚哈代作为试验品验证配方的真实性。
配方做了改良，菲利希亚拥有了和美国队长一样卓越的身体素质，可以自由节制，即变身的能力。她继承父亲的名号，化身黑猫，在金并的要求下前去犯罪。
蜘蛛侠和黑猫交手，彼此都有熟悉感，之后在蜘蛛侠的帮助下，黑猫救回父亲，再一次粉碎了金并的阴谋。
之后蜘蛛侠和黑猫经常并肩作战，而迈克尔摩比斯被基因照射还原成了吸血鬼的状态，当蜘蛛侠想要和黑猫表露心意的时候，黑猫选择了迈克尔摩比斯。
之后刀锋战士回归，和迈克尔摩比斯，黑猫，蜘蛛侠一起大战刀锋战士的母亲，吸血鬼之王，并粉碎了她的阴谋。之后摩比斯一行人追击吸血鬼而离开纽约。
亨利奥斯本子承父业变成了绿恶魔，和蜘蛛侠交战，最后败北，这场战斗后，玛丽简意外回归，两人感情迅速升温，并且结为夫妻。
这期间，蜘蛛侠还结识了战争机器和钢铁侠，对抗多玛姆的二次阴谋，多玛姆召唤了毒液，衍生出了屠杀，毒液附身布鲁克，屠杀附身卡萨迪。在钢铁侠的帮助下蜘蛛侠战胜了多玛姆。
之后便是一个个反派的剧情后续，知道六战士的往事引出，帕克的身世也浮出水面，他的父母是反对纳粹的英雄，最后死于阴谋。
帕克前往俄罗斯调查一切，以前的美国战士们纷纷集结，虽然年老，但是能够帮上忙。金并的新六魔头也前来搅局，变色龙直接叛变。
变色龙是二战罪犯红骷髅的义子，和红骷髅的儿子一起将美国队长和红骷髅从时空中拉了回来，两人依旧如当年一样年轻。
红骷髅与美国队长宿命对决，两人最后重回时空的漩涡里，而红骷髅制造了最强的战士闪电人(能量人)，他能操控世界上所有的能源，几乎不可战胜，最后在蜘蛛侠的引诱下被困在了时空里。
之后是蜘蛛侠主线再开，莫比水人回归引出惊人真相，玛丽简是克隆人，本质上也是个水人，最后玛丽简水人也消失了。帕克再一次受到了现实的残忍打击。
蜘蛛夫人，之前一直在引导蜘蛛侠的神秘角色再次出现，将蜘蛛侠带入了一场考验，是越空行者的选拔计划。
在这里，蜘蛛侠召集了暴风女，美国队长，钢铁侠，黑猫，神奇四侠，和敌人展开较量，和末日博士也有交手。
最终蜘蛛侠通过了考验，得知自己只是一个平行世界中的蜘蛛侠，越空行者还召集了其他世界的蜘蛛侠，共同对抗一个殃及所有宇宙的危机。
猩红蜘蛛侠的世界里，蜘蛛侠的克隆已经完成(之前出现在水人剧情里的伏笔回收)克隆的蜘蛛侠受到了世界的恶意，阅历了主世界蜘蛛侠阅历的一切，还有梅姑妈的死，自己还是克隆人。多重压力下这个蜘蛛侠黑化与屠杀合体，决心毁灭世界。
由于只有自己才能战胜自己，因此召集来了各大平行宇宙的蜘蛛侠，而真正能够完成考验的只有主世界的蜘蛛侠。
这里的平行世界蜘蛛侠有：蜘蛛侠，猩红蜘蛛侠，变异蜘蛛侠，章鱼蜘蛛侠，帕克工业钢铁蜘蛛侠，演员蜘蛛侠。
对阵屠杀蜘蛛侠的时候，发现那个世界已经成为了犯罪王国濒临毁灭，在金并恶鬼绿恶魔的帮助下，屠杀蜘蛛侠得到了空间穿梭器，通过能量增幅来达到毁灭所有世界的目的。
在所有蜘蛛侠的团结协作下，屠杀蜘蛛侠阴谋破裂，逃到了其他平行世界，最后由主世界蜘蛛侠前去追击。
蜘蛛侠来到了不可一世的钢铁蜘蛛侠的世界，那里彼得帕克是天之骄子，家财万贯，受人敬仰，还有许多发明(参考钢铁侠)。这个世界里有格温，和帕克还是未婚夫妻。
蜘蛛侠再一次对抗屠杀蜘蛛侠，无奈屠杀蜘蛛侠挟持格温作为人质，蜘蛛侠最终在这个世界里找到了本叔叔，唤起了屠杀蜘蛛侠的良知，危机解决。
最后，世界恢复和平，蜘蛛夫人带着蜘蛛侠去了演员蜘蛛侠的世界，或是叫我们的现实世界。在这里，真正的蜘蛛侠和斯坦李见面了，两人相谈甚欢。
最后蜘蛛侠和蜘蛛夫人踏上征途，寻找玛丽简，故事也就结束了。
由于故事已经足够完整，因此最后寻找玛丽简的部分就成为的遗憾，只能成为想象中的情节了。
94版蜘蛛侠设定非常完整，囊括了非常多的反派角色和他们的阅历，还有许多的漫威超级英雄也在里面表态，可谓是当时漫威的集大成之作。
这一版的蜘蛛侠有话痨体质，智力超群，领导力卓越，经常和人合作，而他本身的力气就不那么突出了。他最常使用的是蜘蛛感应和蛛丝，每次对抗罪犯都不会出全力，避免下死手。
这个版本的蜘蛛侠年龄也足够成熟，比之后来的高中生状态，大学生的帕克头脑更加敏锐，自身也更加成熟，虽然多次在黑化的边缘徘徊，但好在内心一直坚信善良正义，成为了一个强大的超级英雄。
通过蜘蛛侠，我们也记住了一个至理，能力越大责任越大。