《精灵宝可梦：超世代》目录如下：
AG01.新的大地！新的冒险！（小遥加入，并得到新人用火稚鸡）
AG02.古代神奇宝贝与神秘军团！
AG03.橙华道馆对抗过动猿！（小胜加入）
AG04.傲骨燕多多！危险多多！在橙华森林收服它！（小智收服傲骨燕，小刚归队）
AG05.蛇纹熊与短裤少年！小遥的第一场战斗！
AG06.火箭队！疯狂乱抓，再见了！（武藏的阿柏怪、小次郎的双弹瓦斯离队，小次郎得到沙漠奈亚）
AG07.木守宫的森林！保护大树！（小智收服木守宫）
AG08.饭匙蛇对抗木守宫！必杀的拍击攻击！（武藏收服饭匙蛇）
AG09.怪奇！蘑蘑菇大宅之谜
AG10.史上最强的大嘴鸥！
AG11.大狼犬与土狼犬，进化的神秘
AG12.莲叶童子与花店三姊妹（小刚获得莲叶童子）
AG13.神奇宝贝华丽大赛！狩猎凤蝶的华丽战斗！
AG14.双打比赛，捕捉刺尾虫（小遥和武藏各收服一只刺尾虫）
AG15.用功神奇宝贝训练家培育学园！
AG17.得文制造有限公司！水舰队之影！
AG18.哈奇白叟与长翅鸥小皮！
AG19.逃离巨牙鲨之岛！
AG20.武斗道馆！冲浪的道馆训练家藤树登场
AG21.刺尾虫对刺尾虫！到底是哪一只?
AG22.大吾！可可多拉和波士可多拉
AG23.海边的捣蛋鬼——龙虾小兵登场！（小智收服龙虾小兵）
AG24.奔跑吧小智！越过利牙鱼之河！（小遥的刺尾虫进化成甲壳蛹，武藏的刺尾虫进化成盾甲茧）
AG25.秘密之池！好多水跃鱼（小刚收服水跃鱼）
AG26.长鼻叶族的袭击
AG27.火岩队对抗水舰队，秘密基地的战斗！
AG28.狩猎凤蝶与毒粉蝶！进化之后！（小遥的甲壳蛹进化成狩猎凤蝶，武藏的盾甲茧进化成毒粉蝶）
AG29.勾魂眼的惊疑
AG30.格斗少女与玛沙那！暴风雨之中！
AG31.武斗道馆再战！乘浪的战斗场地！（小智得到拳击徽章）
AG32.废弃之船！悄悄接近的影子
AG33.小遥的强敌！特训！神奇宝贝华丽大赛！
AG34.最初拿到的神奇宝贝，大混乱！
AG35.小遥！初次挑战神奇宝贝华丽大赛！
AG37.美女与野兽?狡猾天狗和乔伊小姐
AG38.正电拍拍和负电拍拍！山上的灯塔！
AG39.唱歌吧！机械屋！
AG40.紫堇道馆！铁千的电击战斗！（小智得到电力徽章）
AG41.木守宫的新绝招！西瓜园的种子机枪（小智的木守宫学会种子机关枪）
AG42.电萤虫与甜甜莹！爱的舞蹈！
AG43.飞吧，宝贝龙！朝向明天！
AG44.小霞登场！波克比和梦幻王国！（小霞归队）
AG45.海市蜃楼的那边波克比的乐土！（小霞的波克比进化成波克基古；波克基古离开小霞；小霞离队）
AG46.胜利家庭！4对4！
AG47.向尾喵和散播芳香（小遥收服向尾喵）
AG48.猫鼬斩VS饭匙蛇！强敌对决
AG49.小胜VS小胜！守护溜溜糖球！
AG50.神奇宝贝华丽大赛秋叶大会！
AG51.VS恰雷姆，华丽大赛的战斗（小遥得到缎带）
AG52.正电拍拍和负电拍拍，修行之道
AG53.向尾喵和“有样学样”的呆火驼牧场
AG54.再次遇见火岩队水箭队！烟囱山作战！
AG55.新人道馆训练家——亚莎全是洞的战斗场地
AG56.热血徽章！用燃烧的战斗得到它！（小智得到烈焰徽章）
AG57.好多晃晃斑！找寻山此外一边的幸福
AG58.闯越钢之谷！煤炭龟VS大钢蛇（小智收服煤炭龟）
AG59.紫堇道馆再度VS雷电兽！
AG60.向尾喵与优雅猫！传说的协调家登场！（小遥的向尾喵学会暴风雪）
AG61.蒙面的出场者?魅影登场！
AG62.绿茵镇神奇宝贝华丽大赛！（小遥得到缎带）
AG63.太阳岩和莲帽小童！神圣森林的传说！（小刚的莲叶童子进化成莲帽小童）
AG64.青绵鸟的天空！小遥的心！
AG65.溶食兽击退大作战！
AG66.一触即发！爆音怪VS森林蜥蜴（小智木守宫进化成森林蜥蜴）
AG67.跳舞的战斗！乐天河童！
AG68.爸爸是偶像！假冒的道馆馆主！
AG69.橙华道馆的危机！家庭的危机！
AG70.橙华道馆战！第五个徽章！（小智得到天秤徽章）
AG71.大木博士和小田卷博士！秘密基地之战！
AG72.双人合作赛，小智VS小遥！
AG73.禁忌森林的国王妙蛙花！（小遥得到妙蛙种子）
AG74.妙蛙种子和妙蛙种子！夺回宝贝球！（小智的妙蛙种子归队本集结束后离队）
AG75.对决！极大鲶鱼王
AG76.天秤偶和雾中的遗迹！
AG77.强敌！妈妈级协调训练家登场！
AG78.神奇宝贝华丽大赛长寿大会！
AG79.跳跳猪在找的东西！
AG80.首度挑战！空中竞技神奇宝贝圆环！（小智傲骨燕进化成大王燕）
AG81.怨影娃娃之宅！
AG82.森林格斗王！力壮鸡VS斗笠菇（小遥的火稚鸡进化成力壮鸡）
AG83.气象研究所的漂浮泡泡！
AG84.茵郁市的羽毛嘉年华！（小次郎得到风铃铃）
AG85.茵郁道馆！天空之战！（小智得到白羽徽章）
AG86.喷火驼载着电影来！
AG87.神秘！从宇宙来的神奇宝贝！
AG88.香蕉懒人翁园的卡比兽！
AG89.皮卡丘加入火箭队！
AG90.抵达水静市！能量方块和回转攻！
AG91.神奇宝贝华丽大赛水静大会！（小遥得到缎带）
AG92.那三只登场，裁判学校之岛！
AG93.珍珠贝和跳跳猪！寻找珍珠！
AG94.古空棘鱼与深海的秘宝！
AG95.猎斑鱼与樱花鱼！进化之谜！
AG96.肌肉对战！双打比赛！
AG97.固拉多VS盖欧卡！（前篇）
AG98.固拉多VS盖欧卡！（后篇）
AG99.枫和南！宇宙中心之战！
.绿岭道馆！太阳岩与月石！（小智得到心灵徽章）
.大海的男儿！四天王源次登场！
.诸星博士之岛！化石神奇宝贝出现！
.伊扎贝岛神奇宝贝华丽大赛！（小遥得到缎带）
.封印极大念力土偶吧！
.大嘴娃爱情了！乐天河童的花道！（小刚的莲帽小童进化成乐天河童）
.大颚蚁和超音波幼虫！梦幻之湖！
.阿勃梭鲁！悄悄接近的灾难之影！
.收服雪童子吧！（小智收服雪童子）
.拯救拉鲁拉丝！小胜快点！
.琉璃市！水之艺术师·亚当！（前篇）
.琉璃市！水之艺术师·亚当！（后篇）（小智得到雨滴徽章）
.直冲熊！友情的形式！
.幻岛的小果然翁
.滚动吧！爱情的顿甲
.混战、混乱！神奇宝贝华丽大赛暮水大会（前篇）
.混战、混乱！神奇宝贝华丽大赛暮水大会（后篇）（小遥得到缎带）
.用小遥美食收服小卡比兽！（小遥得到小卡比兽）
.强敌登场！政宗和铁哑铃
.怪盗班纳伊与缎带奖杯
.小智与小遥，在丰缘大陆的激烈战斗
.揭幕！大型庆典（1）！
.热斗！大型庆典（2）！
.决战！大型庆典（3）！（小智的雪童子进化成冰鬼护，小遥止步凯那华丽大型庆典前8强）
.来野外求生吧！
.抵达彩幽市！穿着长靴的喵喵！
.预赛开始！政宗登场！
.揭幕！彩幽大会！
.通往决胜锦标赛！战斗白热化的日子！
然后…不能输的战斗依然持续！
强敌对决！VS政宗
.最后的激战！通往优胜之路！（小智止步彩幽大会前8强）
.亚希达先生与对战开拓区！
.大木研究所！全员大集合！（小霞归队，小遥得到杰尼龟，小智的小小象归队，小智的煤炭龟和冰鬼护寄放在大木研究所）
【对战开拓区】
.月见山！皮宝宝与皮皮与皮可西！（小霞离队）
.第一战！对战工厂！（前篇）（小智的喷火龙归队并学会过热）
.第一战！对战工厂！（后篇）（喷火龙离队，小智得到知识象征）
.大岩蛇的王国！
.胖丁的歌，爸爸的歌！
.强敌对决！收服风速狗！
.忧郁的可达鸭！
.狃拉与吸盘魔偶！哪一家餐厅！
.进化的神秘与奇迹！
.神奇宝贝华丽大赛金黄大会！（前篇）
.神奇宝贝华丽大赛金黄大会！（后篇）（小遥得到缎带）
.格斗道场！小智VS小遥
.超能力系VS幽灵系！深夜中的决战！
.魔尼尼登场！豪华大宅邸！（小次郎的风铃铃离队，同时得到魔尼尼）
.水跃鱼与绵绵！爱情的特效药！（小刚的水跃鱼进化成沼跃鱼）
.对战竞技场！格斗对决！（卡比兽归队本集结束后离队，小智获得毅力象征）
.抚养家老板与神奇宝贝蛋！（小遥得到蛋，皮卡丘学会伏特电击）
.上班族的强敌！（小遥得到缎带）
.哈克龙之湖！
.对战巨蛋！火焰与水的融会（小智得到战术象征）
.震撼！吃惊！电击怪（小智的小小象进化成顿甲）
.神奇宝贝保育家登场！拯救雪拉比作战
.爱哭树与忍者学校（小刚收服爱哭树）
.穿越时空的小遥（小遥的蛋孵化成伊布）
.激战对战水管，VS蛇道女王小蓟！（小智得到运气象征）
.优胜在谁的手中越野识途比赛
.小卡比兽的处女战！与哈利一决胜负！
.森林蜥蜴VS热带龙！草原的决战！（小智的森林蜥蜴进化成蜥蜴王）
.神奇宝贝华丽大赛让叶大会！（小遥得到缎带）
.蜥蜴王！复活的拂晓！
.激斗！对战宫殿！（小智得到精力象征，小智的蜥蜴王学会阳光烈焰）
.爱哭树国王与魔尼尼女王！
.摩天大楼的红色闪电
.决胜战，小遥VS小刚！（小遥得到缎带）
.迷唇娃与迷唇姐三姐妹
.对战塔之脑，莉拉登场
.对战塔，心传心的战斗（小智得到才能象征）
.神奇宝贝保育家，代欧奇希斯，危机
.胡说树！黄金传说
.哈利火箭队！结成反派同盟
.小遥VS武藏！最后的华丽大赛（小遥得到缎带）
.火箭队解散！各自的道路
.以商标战守护尼比道馆
.对战金字塔！对抗雷吉洛克
.惊异！极大请假王之山
.揭幕！华丽大型庆典！
.小遥VS哈利！用双打比赛登上舞台！
.小遥VS小瞬！最后的战斗！（小智收服长尾怪手，小遥的力壮鸡学会过热，小遥止步石
华丽大型庆典前4强）
.长尾怪手与国王！
.聒噪鸟与神奇宝贝相声
.袭击！出走的玛狃拉！
.再度挑战金字塔！VS雷吉斯奇鲁！（煤炭龟归队本集结束后离队，煤炭龟学会热风）
动画的日文版根据游戏原作版本，可按照时间顺序划分为六部：《精灵宝可梦：无印篇》、《精灵宝可梦：超世代》、《精灵宝可梦：钻石与珍珠》、《精灵宝可梦：超级愿望》、《精灵宝可梦XY》和2016年11月17日开始播放的《精灵宝可梦：太阳月亮》。
除电视动画系列外，精灵宝可梦系列作品同样包括一些旁支作品：描述非主角一行的角色的故事的周刊精灵宝可梦放送局、精灵宝可梦星期天、Pokémon!等。
精灵宝可梦：无印篇
在无印篇中，新手训练家小智从大木博士那里获得的是一只勉勉强强又喜怒无常又不喜欢进入精灵球的皮卡丘，小智离开家乡真新镇，在关都地方展开他的旅程。
在赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加宝可梦联盟。在旅途中加入小智的是两位良师益友——小刚和小霞。
参加石英大会之后，小智受大木博士之托启程前往橘子群岛，从内木博士处取得GS球，小刚暂时留在内木博士处。旅途中小智参赛橘子联盟，还遇到宝可梦观察家小建，便与他一同旅行。
回到真新镇后，大木博士无法理解怎么样把GS球打开，所以就把小建留下做助手，派小智、小霞、小刚前往城都地区，把GS球交给桧皮镇的钢铁先生。再次，小智参加了宝可梦联盟－城都联盟的白银大会。
精灵宝可梦：超世代
城都联盟篇结束后，小霞为了接替出门旅行的三位姐姐而不得不返回华蓝市担任道馆训练家，小刚也因为因家里有事和小智分离了。
小智重新出发，基于想要以一个新人的心态继续学习的心态，所以只带着皮卡丘只身前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和其弟弟小胜，后来小刚又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。
超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同之处是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。
联盟大会结束后，则改挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥则以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。两人都为了达成各自的目标，与宝可梦一同奋斗。