法新社报道称，沙纳汉还说，他“永远不会对像麦凯恩这样一位伟大美国爱国者的纪念做出侮辱”，也“永远不会不尊重在这艘军舰服役的青年男女”。
沙纳汉表示，他已要求参谋首长“调查这件事”。他说：“军队需要做好他们的工作，而他们的工作就是不介入政治。”
另据台湾结合新闻网5月31日报道，“麦凯恩”号因遭撞击在修复中，移动不易，美国海军于是用防水布遮盖“麦凯恩”号的船名，再以另一艘修理驳船移近挡住船身，而且佩戴有“麦凯恩”号标志的船员更获准休假，确保特朗普眼不见为净。
匿名官员称，确实收到指示，但最后遭到美军海军高层否决。第七舰队发言人海军中校多斯表示，特朗普抵达日本前一天还用防水布遮盖的“麦凯恩”号，在他抵达前移除，有遮挡之嫌的修理船也奉令开走。
美军海军联络室主任布朗少将29日发推文表示：“美国总统访日视察期间，绝对看得到‘麦凯恩’号。海军对于该船舰、人员、命名由来、传承，引认为荣。”
报道称，该新闻曝光后，相关人士纷纷表示不知情。美国代理防长沙纳汉否认下令配合，表示看到报道后才晓得有这件事，将要求参谋长深入相识。
竞选总统期间和麦凯恩交恶的特朗普，也发推文宣称对于访日期间“麦凯恩”号发生的任何事情都不知情。美联社指出，特朗普仅说访日期间不知情，而没有说“访问日本前”是否知情。
麦凯恩的女儿梅根说，特朗普一直对于麦凯恩生平的伟大事迹深感威胁，连麦凯恩过世九个月都不愿让他安息。